class: center, middle, inverse, title-slide .title[ # Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor ] .author[ ### Dra. Yalbi Balderas<br>02 de agosto de 2022 ] --- # Paquetes de bioconductor relacionados con la metagenómica  --- ## ¿Qué es Bioconductor? Es un proyecto para desarrollar, dar soporte y diseminar software de código abierto que facilita el análisis de datos de forma rigurosa y reproducible en el área biológica. Tiene una comunidad diversa y colaborativa de desarrolladores y científicos de datos. https://www.bioconductor.org/ --- # Paquetes de Bioconductor ¡Actualmente cuenta con más de 2000 paquetes! https://contributions.bioconductor.org/ https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software --- class: chapter-slide # Análisis de microbioma --- ## Microbioma Se refiere a los microorganismos, su hábitat entero; sus genomas y ambiente (Marchesi y Ravel, 2015). --- ## Métodos para estudiar el microbioma <img src="Figure1.png" width="800"> https://link.springer.com/article/10.1007/s13238-020-00724-8 --- ## "Amplicon" vs "genoma completo" <img src="Figure2.png" width="650"> https://astrobiomike.github.io/misc/amplicon_and_metagen https://doi.org/10.21105/jose.00053 --- ## Flujos de trabajo <img src="Figure3.png" width="700"> https://link.springer.com/article/10.1007/s13238-020-00724-8 --- ## Herramientas en el análisis de microbioma https://microsud.github.io/Tools-Microbiome-Analysis/ --- ## Flujo genérico en el análisis de microbioma <img src="Figure4.jpeg" width="450"> https://doi.org/10.1093/bib/bbz155 --- ## Flujo genérico en metagenómica <img src="Figure5.png" width="650"> https://doi.org/10.21105/jose.00053 --- .pull-left[<br><br><br><br><br><br><br> .center[ # ¡Gracias! ] ] .pull-right[<br> <img src="data:image/png;base64,#css/xolo.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" /> ]